Az etil-merkaptán, mint illékony szerves vegyület, a tárolás során meghatározott feltételek és előírások szigorú betartását igényli. Először is, a tárolási környezetnek hűvösnek, száraznak és jól szellőzőnek kell lennie, és a hőmérsékletet ideális esetben 0 fok alatt kell tartani az illékonyság és az oxidációs kockázat csökkentése érdekében. Ugyanakkor fényérzékenysége miatt az etil-merkaptánt sötét helyen kell tárolni. Az üvegpalackok, a rozsdamentes acél tartályok és az alumíniumdobozok ideális tartályok, mivel hatékonyan meghosszabbítják az etil-merkaptán eltarthatóságát és megőrzik kémiai stabilitását. Továbbá ügyelni kell arra, hogy az etil-merkaptánt ne keverjük össze más vegyszerekkel, és a biztonság érdekében távol tartsuk tűzforrásoktól. Az etil-merkaptánt kezelő személyzetnek megfelelő védőfelszerelést, például kesztyűt, védőszemüveget és védőruházatot kell viselnie, hogy megelőzze az irritációt és a bőr- és szemsérülést.